実際のシステム環境と設定可能な内容が違っているのですが

プロジェクトに関連づけされたpsfファイルの内容が、システム環境と異なることが原因です。プロジェクトを新しく作り直し、正しいpsfファイルを選択するか、ProjectPropertyで正しいパスに変更または、指定されたパスにファイルを移動させて下さい。